在最初200多年的历史中，哈佛学院的课程几乎从未改变。知识间各自分工明确—学生的逻辑能力依赖于数学来提拔、品位依靠希腊语和希伯来语的经典著作来塑造、演讲能力则依赖于修辞学等等。教育最终的目标是培育种植提拔基督教公民的心智与品格，使他们信奉上帝，获得真理与自由。

      “那是一个简单、清晰而明确的世界—人类知识的体系是稳定而完整的，真理是绝对的、永恒的，大学的目的就是保存它们，并传授给下一代。”

       就像历史上的新英格兰古老学院一直延续“重复陈旧课程的传统”，他们最重要的教授方式仍然是背诵，“强迫式的问答”是师生间最基本的互动。由此带来的结果是接受高等教育的人口比例不断下调，人们会普遍感到高等教育的价值在降低。

       1869年，哈佛大学新一任校长—35岁的化学家查尔斯·艾略特上任。一个阴天的下午，他在麻省剑桥教会发表的就职演讲中，坚定地提及「哈佛的教育内容将覆盖全人类的知识」。

       "1869年是同样可以看作现代美国的出发点的年份”—查德·诺顿·史密斯《哈佛世纪：锻造一所国家大学》

       南北战争刚结束，横贯美洲大陆的铁路建成，新大陆正以惊人的速度被开发，这个国家需要林林总总的专家，崇尚实用主义的美国人对“有用的知识”有一种天然的尊重。

       1862年，美国联邦政府颁布《莫里尔赠地法案》，鼓励各州利用赠地的资金建造以农工技术为主的应用型大学。由此，一大批州立大学应运而生，著名的增地大学有康奈尔大学、加利福尼亚大学、威斯康星大学等。课程方面，古典人文科目仍在，但教授的重心却放在培育种植提拔农工实用人才方面，

       “向社会的工业和生产阶级提供最好的举措措施，以使他们获得实用知识和精神文化”。

       艾略特年轻时曾经游学德国，其自由选修制的提出一方面是受到了德国大学“学术自由”思想的影响。他认为“大学是世界上最容不得独裁者的地方。”另外一方面又是出于地道美式实用主义的目的—正是经由自由选修制的提出，他才得以将大量专业、实用的知识纳入到哈佛的课程之中。例如，语言学的学习加入了东方语言、德语、法语、意大利语，以及现代英语，由此不再局限于希腊语和拉丁语。由此，哈佛学院的课程从原来的70多门课程增加到400多门。他还创造性地提出了“科目”的概念，学分制也由此而生。苏格拉底式的教授教养法也是从这个时候入手下手的：教授不断地提问、质疑，启发学生对某个问题的思考、评论辩论、争论。

       在艾略特上任之前，哈佛学生几乎没有学习选择权。必修课占据多数，唯一可选的只有自然科学与现代语文。如果你想选修拉丁文，无论上大学时拉丁文有多好，就因为它是为三年级学生准备的课程，你都必须等到三年级。

       艾略特曾在《大西洋月刊》上两度撰文提出，他的美国大学观呼吁“新教育”：“美国大学还未从本有的土壤上生长出来，美国大学一旦出现，绝不应该是外国学府的翻版，也不应该如同暖房中的植物，而是从美国社会19岁或20岁的年轻人应该知道他们最喜欢什么，最适合学习什么。即使无所爱，至少也应该有所恶。硬把一个学生推向他没有能力或者没有兴趣的领域去学习是愚蠢的。

       1894年，艾略特上任25年后，哈佛大学已经蜕变成为一所崭新的美国大学。它不仅是美国最古老的大学，同时也是最富有的大学。它提供的课程比其他大学都多，任课的是美国最庞大、最受人尊敬的教职员队伍。艾略特还着手改造了衰败的法学院和医学院，又于1872年设立建设了文理研究生院，作为师生们进一步探索高深学问的场所，次年颁发了第一个哲学博士学位。在当时美国1000名一流的科学家中，有237人毕业于哈佛，171人毕业于约翰·霍普金斯大学，93人毕业于耶鲁。

       1909年，当他40年的校长生活生计走到尽头时，必修课只剩下了一年级新生的英语写作课和外语课，二、三、四年级的学生可以完全自由地选择课程。

       一名叫约翰·里德的哈佛学生这样回忆艾略特任校长期间的哈佛校园生活：“艾略特校长领导的哈佛举世无双。任何人都可以从全球的知识宝库中汲取他想要的统统营养。本科生几乎无人管制，他们可以住在任何他们想住的地方，做他们想做的事情，只要去上课就行。校方从不打算把学生组织起来或者强调任何形式的统一。"

       在《知识的自由市场》一书中，路易斯·梅纳德教授认为，艾略特对美国大学最具独创性的一项改造是在学院（本科）之上交叠添设了职业研究生院，只有经过本科学习，获得学士学位的学生才有机会进入职业研究生院训练。在此之前，哈佛的职业学院仍然遵循的是着古老的学徒制，例如法学院的学生只要住校满18个月即可获取相应学位，医学院学生只要上过两个学期的课程，跟随过一个医生实习，就能够成为医学博士。

       正是艾略特校长第一个打破了哈佛与剧烈变化的外部世界之间的隔绝状况。他的任命，不仅成了哈佛，同样成了当时美国高等教育的一个关键迁移转变点—科学将成为未来大学的基石，古典文科的中心地位将被颠覆，而哈佛将从一个古老的、地方性的宗教授教养院（学生500名，教师23人），变成一所全国性的现代研究型大学。此后，耶鲁大学、哥伦比亚大学等也纷纷效仿，完成由早期学院向研究型大学的转变。