1989年5月5日，西班牙议会在1983年《大学改革法》的框架内通过了一项法案，成立了卡洛斯三世大学，成立的初衷就是建设一所规模相对较小、具有创新精神的公立大学，提供最高质量的教学，主要侧重于研究。卡三大学使命是根据严格的国际指导方针，通过教授最高质量和最前沿的研究成果，为社会的进步做出贡献。学校办学重视综合教育，并努力培养“富有责任心、对社会问题具有敏锐洞察力的、具备超前的意识、强烈的正义感及坚韧不拔的意志力的学生”。创新是卡洛斯三世大学的精神核心。