康斯坦茨大学作为一所改革型高校成立于1966年，和乌尔姆大学同期。最初几年大学分散在康斯坦茨内城的多个建筑里，1972年迁往吉斯山（Gießberg），建起了一个占地面积达9万平方米的校园。康斯坦茨大学建立之初，就将多个院系组合成跨专业的学院，并以此打破了院系划分的传统。此外，大学还非常注重理论和实践结合。2007年10月19日，德国精英大学评比第一轮第二批结果公布，康斯坦茨大学成为该批“未来计划”（Zukunftskonzepte）的六所获奖大学之一，而康斯坦茨生物研究所（Konstanz Research School "Chemical Biology"）也在“研究生院（Graduiertennschulen）”的评选中得奖。之后，在2012年6月和2019年7月，德国联邦政府所揭晓的连续两轮卓越大学计划评选中，依旧被评为德国精英大学。2016年4月，泰晤士报高等教育专刊公布全球最年轻大学排名，康斯坦茨大学排名第7。在2019THE世界大学排名TOP 189，在2020QS世界大学排名TOP 424。