日本的大学分为三类：国立、公立、私立。

国立大学：由国家出资运营，目前约有86所，分布在全日本47个都道府县。

其中就包括大名鼎鼎的7所旧帝大为别为：东京大学、京都大学、东北大学、九州大学、北海道大学、大阪大学、名古屋大学。

国立大学整体考学难度较高，尤其是大城市附近的大学，竞争更为激烈。  

学费由文部科学省设定标准金额。一般来讲，入学金为282,000日元，年学费为535,800日元。按照这个标准金额计算，文学部或法学部等四年制学部，在学期间所需的学费约为243万日元，医齿药·兽医学部等六年制学部的情况下，约为350万日元。除了一部分大学外，大多数大学都按照标准金额设定学费，基本上没有学部之间的差异，都是统一的。  

国立大学日本国立大学们遍布日本全国各地，从北海道到九州地区，地理分布上较为均匀，旨在为全国各地提供高等教育资源。关东地区，包括东京都及其周边县市，是国立大学较为集中的地区，拥有诸如千叶大学、筑波大学等知名学府。其他地区如北海道、东北地区、中部地区、关西地区等，也均有国立大学的分布。  

公立大学：由地方政府出资运营，约有101所。

对于当地的学生有政策优待、学费优惠，毕业后在本地就职的学生也较多。如东京都立大学、名古屋市立大学，横滨市立大学等。  

学费基本上与国立大学的标准金额相同。当然，根据学校的不同，学费上也可能会有些差异。此外，与国立大学不同的是，很多公立大学，对居住在大学所在地区的学生，和高中毕业生提供入学金的折扣。  

公立大学主要位于日本的地方城市，它们由地方政府资助和管理。例如，在北海道地区，有札幌医科大学、札幌市立大学等公立大学。公立大学通常与当地社区联系紧密，为地方发展服务。

私立大学：由财团出资并运营，因此有一定的盈利性质，学费较国公立大学会贵一些。

私立大学的数量也是非常多的，大约有620所，占所有学校总数的80%。如早稻田大学、庆应义塾大学、上智大学等。  

学费与国公立大学的标准不同，是由各大学自行设定的，且金额通常较高。在同一所大学内，不同学部或学科的学费也会有所不同。一般来说，文科学部的学费，比理科系或艺术系学部要低，而医齿系学部的学费则更高。毕业所需的平均学费总额为：文科学部约为443万日元，理科系学部为573万日元，而六年制的医齿系学部则高达3,232万日元。不过，很多私立大学对外国人留学生有约为10%~30%的学费减免，可以一定程度上减少同学们的经济负担。  

私立大学在日本的分布更为广泛，在经济和文化中心城市更为集中，因此在大城市中较为常见。例如，在东京都，除早庆上外，还有如明治大学、青山学院大学、立教大学等有名私立大学。私立大学在各地区的分布也较为密集，如在近畿地区的大阪、京都等城市，有同志社大学、立命馆大学等知名私立大学。