东京开成学校和东京医学校的合并创建了法学、科学、文学和医学四个学部，加上一所大学预备学校（预备门; 日本近代第一高等学校），这就是最初的东京大学。初期，法学部、科学部和文学部位于神田地域，而医学部则位于本乡地域。

从建校开始，东京大学就持续合并不同领域的不同学校，比如工部大学和东京农林学校, 从而成长为一所综合性研究型大学。在这过程中，东京大学也几易其名。由于在2004年所有国立大学法人化，东京大学现在的全名是“国立大学法人，东京大学”。

目前，东京大学设有10个学部，15个研究生院，11个附属研究所（包括先端科学技术研究中心），13个大学研究中心，3个附属图书馆和3个高等研究所。此外，学部、研究生院和研究所都有其相关的附属机构。比如说，东京大学医院就是这样的附属机构。

除了本乡、驹场、柏三个主校区，东京大学的附属机构遍布全国。

东京大学共设有10个学部。东京大学本科教育的一个重要特色是前两年不分专业，专注于基础课程教育，为以后的专业学习打下坚实基础；后两年致力于专业课程教育。

研究生院